Hola 

Si la instalación está correctamente hecha no debería afectarle negativamente. Hay muchas instalaciones domésticas trifásicas, que se hicieron así por ejemplo para acumuladores eléctricos, pero que una vez que se dejaron de utilizar, no cuentan con ningún equipo que necesite de la potencia trifásica, de manera que todos los electrodomésticos de la vivienda suelen estar en una misma fase.

Esta es la limitación que ha debido tener en cuenta el instalador a la hora de hacer la instalación, que las fases a las que el inversor entrega la energía producida son las fases en las que están los equipos de consumo.  

Un saludo